民國64年起，內政部依「自來水法」劃設水源水質水量保護區，其目的在於保護重要之水源，因此劃定範圍大體上為重要取水口上游之集水區，希冀能保持其自然狀態，以維護水質與水量。在水源水質水量保護區內，任何對於水質與水量有所貽害之行為或土地利用皆被禁止，同時區內原有之土地利用若有對保護標的產生不良影響者，亦可通知所有權人或使用人於一定期間改變其使用，並予補償。目前劃定之水源水質水量保護區共有 110處，總面積高達九千九百餘平方公里，佔台灣地區面積的四分之一以上。
五、特定水土保持區
民國83年所通過的「水土保持法」中提出了「特定水土保持區」之劃設，其在內涵與本質上乃是以水土資源保育及災害防制為主要之劃設目的，評選標準如下：（一）水庫集水區；（二）主要河川集水區須特別保護者；（三）海岸、湖泊沿岸、水道兩岸須特別保護者；（四）沙丘地、沙灘等風蝕嚴重者；（五）山坡地坡度陡峭，具危害公共安全之虞者；（六）其他對水土保育有嚴重影響者。
經劃定為特定水土保持區之各類地區，區內禁止任何開發行為，但攸關水資源之重大建設、不涉及一定規模以上之地貌改變及經環境影響評估審查通過之自然遊憩區，經中央主管機關核定者，不在此限。
六、國有林自然保留區
台灣的森林面積約佔全島面積的二分之一，其部份區域由中央主管機關依據「森林法」編定為國有林、保安林，由林務局代管。民國64年林務局根據「台灣林務經營改革方案」開始進行保護區調查及設置工作，之後並依「台灣地區自然保護方案」自民國74年起陸續公告國有林自然保護區（徐國士，1994；程建中、曾瀧永；1993）。國有林自然保留區是以保護或保育生態及自然景觀為主要的劃設目的，在評選的標準上有下列幾項條件（溼地保護工作委員會，1994）：（一）為自然保育所必要者；（二）不同林型的代表；（三）稀有動植物棲地及其生態系；（四）原始湖泊；（五）特殊地形景觀；（六）冰河遺跡。民國75年之後台灣地區共計公告35個國有林自然保留區，其中11處已再依「文化資產保存法」公告為自然保留區，是以目前屬國有林自然保留區者有礁溪台灣油杉自然保護區等24處，面積總計39,723公頃。
七、沿海保護區
本類保護區乃是依內政部研擬之「台灣沿海地區自然環境保護計畫」所劃設，分別於民國74年及民國76年核定實施。被劃定為沿海保護區者其區內之自然資源應具有代表性、自然性、稀有性或多樣性等特性，認定或選擇標準有下列數項：（一）稀有或瀕臨絕種者；（二）具有學術研究或大眾科學教育價值者；（三）動物、植物社會未被人為破壞或改變，尚保存自然狀態者；（四）具觀賞價值或高度經濟價值（動物）；（五）碩存之母樹林（植物）；（六）具無法以人力再造之特殊天然景致者（海洋）；（七）具特殊漁業資源或適宜培育特殊漁業資源者（海洋）；（八）高品質景觀資源，可供國民遊憩使用者（地形地質景觀）。在經營管理上，沿海保護區分為兩個層級，一為自然保護區，於區內禁止任何改變現有生態特色及自然景觀之行為，並加強區內自然資源之保護，所採取的是較嚴格的保護措施，土地開發及發展的限制性高；二為一般保護區，其在不影響環境之生態特色及自然景觀下，可維持現有之資源利用形態，其土地利用之開發限制不及前者嚴格。
目前核定實施之沿海保護區共計有北海岸沿海保護區、淡水河口保護區、東北角海岸保護區、彰雲嘉沿海保護區、蘭陽海岸保護區、蘇花海岸保護區、花東沿海保護區、九棚沿海保護區、尖山沿海保護區、墾丁沿海保護區、北門沿海保護區、好美寮保護區等12處，其中東北角海岸保護區及墾丁沿海保護區分別位於東北角風景特定區及墾丁國家公園範圍內，另有其相關之經營管理措施。本保護區之總面積為 186,820公頃（未計入東北角海岸及墾丁海岸）。