大體上化石可分為實體化石和生痕化石兩大類。若地層內遺留古生物的遺骸或骨骼等的化石，我們稱為實體化石（例如魚、蝦、海星、海膽、貝類等動物化石，和莖、葉或植物等的植物化石）；此外，地層內尚可發現另一類的化石,它們並不是生物的骨骼或遺骸，它們是生物在當時的環境下，種種活動、行為遺留下的痕跡（如尋找食物、築巢居住、逃避攻擊等），或大自然作用力作用下，保留的痕跡（如海浪的拍擊）等活動，如果沒有受到破壞，且再受到後來沙、泥、沉澱物等的沉積、膠結，一旦被保存在地層內，所形成的化石，稱為生痕化石。
在十九世紀時，生痕化石還常被人認為是某些種類動物或植物的化石，後來Seilacher首先提出生痕相的觀念，才了解它們其實是生物活動所遺留的痕跡，並建立生痕相和沉積環境的模式，使得日後的研究，朝向結合生痕化石學及沉積學，來探索古沉積環境的演變過程。
對於生痕化石的描述可從幾種特徵來考慮：
(一)外形：
是基於幾何圖形的觀點對生痕化石作分類，如豎管型、U型、分叉型、螺旋型、星型、橢圓形……等。
(二)生物的運動行為：
可分為居住構造、攝食構造、覓食痕跡、休息痕跡、匍匐痕跡、脫逃痕跡等六種，這些運動行為，常受到海水深度、水流能量、光線、含氧量、鹽度、沉積速率、PH值、食物供應量、底質面沉積物特性等因素的影響。其中，海水深度是主要影響因素之一，見表一。
(三)和沉積岩的保存關係:
大部份的生痕化石，皆保存在沉積岩中，它們和沉積物之間的關係，強烈地反應當時的生物行為模式和環境狀態，例如從生痕化石在沉積岩中的不同保存方式或和沉積層間的接觸關係，可以了解生物作用和沉積作用的先後關係。以新竹縣東眼山丘陵山壁間的生痕化石為例，說明生物的行為特徵和沉積環境間的關係.本處常見的生痕化石相有Skolithos、Gyrochorte、Teichichnus和Scolicia四大類比較如表二。
地質學家可依據生痕化石在不同環境下，生物有不同的行為，而相同環境中，生物會有相類似的行為表現。結合地質學和古生物學，依古生物族群的表現特性，可作為古生態環境的對比、解釋古環境變遷的指標；此外，由於生痕化石比實體化石在地層內較容易保存，也可以彌補因化石殼體被破壞的古生態學上的研究。（N0.10）
參考資料：陳文山，1994，臺灣的生痕化石，經濟部中央地質調查所印行