南方四島的地質史與澎湖其他島嶼類似，澎湖群島具有台灣地區最古老、且未受後期構造運動影響，而呈現的豐富火山地質景觀。在中新世初期（約1700萬至1800萬年前之間），由於受南中國海板塊的海底擴張，引發一系列地殼張裂作用，產生了一連串的火山活動，玄武岩噴發的結果形成今日的澎湖群島。之後經過多次噴發，火山活動停止於中新世的晚期（距今約820萬年之前）。在第四紀期間，除了海水侵蝕作用外，也伴隨地殼隆升、風化，陸域頂部也發育了部份的紅土層。到了全新世的海濱堆積層時，群島只有海面升降變化，已無地殼的隆升作用。

 

澎湖南方海域諸島的地質以玄武岩為主。東嶼坪面積0.4627平方公里，地形變化很多，島嶼分成南、北兩陸塊；其四周有陡峭的海崖，東岸及北岸的海崖下有海蝕溝、海蝕洞、海蝕柱等。西南岸有一段白色沙灘，港口北岸有一形如塔狀的岩塊稱「塔仔」。南、北兩陸塊的玄武岩柱狀節理很發達，東北角海岸有兩段平行的岩脈由陸地的海崖伸入海中，其高聳的岩壁甚為壯觀。東嶼坪嶼是澎湖群島較年輕的島嶼，北岸岩脈分佈廣，甚至互相截切成垂直狀，而在西岸與南岸的砂岩中，有貝類化石。由於附近海域人為干擾較少，在東、西嶼坪間的海域有發育良好的裙礁地形，各種燕鷗常利用附近二塭、鐘仔岩、鐵砧嶼、頭巾嶼等處繁殖。

 

西嶼坪為方山的地形，面積0.3477平方公里，最高點42公尺。在東嶼坪西北約700公尺。地勢東南方較高。由於四周大部分為海蝕崖及礫灘，無法沿著海岸行走。碼頭位於東南方，除北側中部海岸外其餘由海崖圍繞。東北有顯礁，西岸有海蝕溝，南岸則有海蝕平台。島上居民信奉道教，建有華娘廟乙座及西北方的土地公廟。島上目前設籍人口數目前約有200餘人，聚落位於島中央的平台上，大部分房舍都已經廢棄，目前長年居住在島上的居民不到10人，水電皆由西坪簡易發電廠提供。西嶼坪東側的海岸大多為海蝕崖，可看到玄武岩的碎石坡以及塊狀玄武岩堆積的崖錐，海蝕崖上的玄武岩柱狀節理並不明顯，大部分呈現不規則狀，也可看到彎曲狀的節理。

 

東、西吉兩島位於澎湖黑水溝附近，東吉嶼目前仍有居民居住，島的北岸有獨立的巨岩，東南方海面上有海蝕柱，港口北方有含輝石偉晶的集塊岩海蝕平台等景觀，十分吸引人。附近海域魚類資源豐富，常吸引釣客由台南直航東吉嶼垂釣，島上設置的氣象站，是台灣重要的氣象站之一。島嶼北岸岩脈分佈廣，甚至互相截切成垂直狀，而在西岸與南岸的砂岩中，偶有貝類化石。東吉嶼旁邊的鋤頭嶼海崖地形雄偉獨特，擁有澎湖最深的海蝕洞景觀。東西吉嶼四周玄武岩柱狀節理發達，具有許多地景特色。在海蝕崖上，可看到岩層堆積的層理。從海蝕崖剖面可分成3種岩層，最下方為多孔狀的玄武岩，中間部分為沉積岩，最上方為柱狀玄武岩。這種上下岩層不同的特性，推測為不同時期的火山作用所造成。

 

西吉嶼位於望安島的東南方約16公里處，和東吉嶼相距約4.5公里。屬於平坦的方山地形，於島上最特別的景觀是西側及西北側的柱狀玄武岩，條理分明，排列整齊，綿延約 800 公尺，從海上來看，十分壯觀。西吉嶼的地勢大致為北高南低，最高處位於煙屯山，海拔23公尺。在島嶼的南方有一些廢棄的房舍及廟宇，目前無人居住，是島上放牧羊群休息的場所。西吉嶼的西北西方為一處透天海蝕洞，宛如大灶灶口，冬季風浪大，沖激「灶口」，浪花則自透天洞噴出，蔚為奇觀。村民早年曾在洞口稍南的草坡上挖掘一個圓塘，並砌石成池，儲存自洞中噴出的海水，命名為「有福池」。島嶼的南方大多為沙灘或礫灘，過去為了方便船隻上岸，在灘面鋪設水泥路，但由於水深較淺，暗礁也較多，一般大型船隻並無法靠近，由於島嶼並沒有設置碼頭，一般船隻並不容易上岸。只能小型漁船靠岸。

 

南方四島早期因交通不便，居住的人口不多，受到人為的干擾較少，也因此保存了許多珍貴的地質地形景觀，同時周圍海域也是海洋生物的重要棲地。將來無論是現在的南海玄武岩自然保留區或是將來有機會成為國家公園，政府都必須有責任將這些特殊地景的資源給予保護，擬定地景保育的經營管理計畫，協助資源的永續發展。