依文資法的定義，自然文化景觀是指「產生人類歷史文化之背景、區域、環境及珍貴稀有之動植物」，並依其特性區分為「生態保育區、自然保留區、珍貴稀有動植物」等三種，由農委會會同相關部會審查指定之。為辦理自然文化景觀的審查指定、解除指定、以及維護、保育、宣揚和管理機構之監督等事項，農委會邀集經濟部、內政部、教育部、交通部、行政院文化建設委員會、行政院環境保護署、行政院經濟建設委員會、行政院衛生署等共九個部會組成「自然文化景觀審議小組」，另在小組下設置「技術組」，由審議小組召集人對具有植物、動物、水生生物、昆蟲、森林、地質、地形、景觀、生態、環境、資源、經濟、經營管理、人文、法規等專業技術之學者專家十三人組成，進行初步審查有關自然文化景觀調查、規劃等專業技術事宜。
依據文資法施行細則的定義，「生態保育區」是指「特殊動植物之生育、棲息地」；「自然保留區」是指「具有代表性生態體系，或具有獨特地形、地質意義，或具有基因保存永久觀察、教育研究價值之區域」；「珍貴稀有動植物」是指「本國所特有之動植物或族群數量上稀少或有絕滅危機之動植物」。生態保育區與自然保留區是透過劃定公告特定範圍為保護區來保存區內的生態或自然景觀資源，珍貴稀有動植物則是透過指定公告個別物種來保護。由於生態保育區與自然保留區的定義相近、規範相同，為避免保護區名稱過多，造成民眾認識的不方便，目前依文資所劃定公告的保護區名稱皆使用自然保留區，未使用生態保育區。
自然保留區保存維護的基本規範是文資法第五十二條的規定：「禁止改變或破壞其原有自然狀態」，違者將處五年以下有期徒刑、拘役或科或併科三萬元以下罰金。農委會自七十五年起迄今共公告了大武山等十八處自然保留區，面積共計六萬三千餘公頃，約占台灣陸域的1.8%。為保持自然保留區之原有自然狀態，必要時得由農委會會同有關機關採取保育措施。珍貴稀有動植物保存維護的基本規範則是依該法第五十三條的規定：「禁止捕獵、網釣、砍伐或其他方式予以破壞，並應維護其生態環境。但研究機構為研究、陳列或國際交換等特殊需要，報經主管機關核准者不在此限」，違者處三年以下有期徒刑、拘役或科或併科二萬元以下罰金。自七十三年度起迄今共公告櫻花鉤吻鮭等廿三種珍貴稀有動物、清水圓柏等十一種珍貴稀有植物，。以上這些自然保留區及珍貴稀有動植物係由所在地地方政府或由農委會指定的機關(構)管理。管理機關(構)對所管理之自然文化景觀，應提具年度管理計畫執行之，並應造具概況表，附詳圖與有關資料層報農委會存案，所報狀況有變更時，應隨時層報。各級政府若發現轄區內有未經制訂之自然文化景觀，亦有義務報請農委會依文資法指定公告。
七十八年野生動物保育法公布實施後，上述廿三種珍貴稀有動物皆歸入保育類野生動物，受野保法更周全的規範。 自然文化景觀除以公告特定物種、劃定特定範圍的方式來保存維護外，並已考量周圍地區的土地利用、以及重大營建工程的影響。依該法規定，自然文化景觀所在地區域計畫、都市計畫之訂定或變更，應先徵求自然文化景觀主管機關之意見。政府機關策定重大營建工程計畫時，應先調查工程地區有無自然文化景觀。文化資產保存法自七十一年五月公布實施逾九年後，行政院於八十一年二月提送了一份修正案付立法院審查，迄今仍在一讀中。