壹、前言
台灣地區依據相關保育法規所劃設的保護區可分為自然保留區、野生動物保護區、國家公園及國有林自然保護區等四種類型。這四類保護區各有它的保育重點與經營管理方式。其中自然保留區是依據文化資產保存法所設立，以嚴格保護的手段達成保存區內的自然生態與景觀，依據現行文化資產保存法第五十二條規定：自然保留區禁止改變或破壞其原有自然狀態。包括大武山自然保留區在內，迄今台灣地區共設立十八處自然保留區。
大武山自然保留區是台灣地區面積最大、自然狀態保存最完整的自然保留區，自民國七十七年即依文化資產保存法設立，主要目的在於保護野生動物及其棲息地、原始林、高山湖泊；同時該自然保留區對於國土保安、水源涵養、防止盜伐、盜獵、濫墾等不法行為，皆具有不可替代之積極功效。
交通部研議中之國道南橫公路計畫6A路廊將穿越大武山自然保留區的心臟地帶，除與文化資產保存法「禁止改變或破壞原有自然狀態」之規定牴觸外，尚涉及景觀維護、水土保持、野生動物保護、水源水質保護等諸多環境衝擊問題有待評估分析，宜尋求不經過自然保留區之路線替代。
貳、自然資源
地理環境
大武山自然保留區位於中央山脈南端的大武山區主稜東側，面積四萬七千公頃，行政區域隸屬於台東縣卑南鄉、金峰鄉、太麻里鄉及達仁鄉。保留區內大致為亞熱帶氣候，隨海拔升高溫度遞減，海拔500公尺處年均溫21℃，3000公尺處年均溫為7.5℃。雨量多集中在五月到九月，雨季月雨量可達五百到八百公釐，降雨急遽而密集，乾季月雨量常不足五十公釐。
保留區的地勢大致由西向東傾斜，中央山脈南段主稜大浦山、知本主山、霧頭山、北大武山、南大武山、衣丁山及姑子崙山等山峰聳峙於西側，共同構成保留區之西界，其中以北大武山海拔3090公尺最高。區內地形陡峭，中央山脈東側支稜大致成東西走向，各支稜間的溪流多僅行進二、三十公里即流入太平洋，短短距離內落差卻高達二、三千公尺，因此多高山、峽谷、急湍、瀑布，地形發育上仍處於侵蝕劇烈的幼年期至壯年期。
保留區的地質由第三紀亞變質岩層和先第三紀變質雜岩層所組成，大部分屬硬頁岩、板岩及千枚岩，這些岩層的結構脆弱，容易造成山崩。此外在溪流兩岸平緩處可見到由礫石、砂、泥等所組成的階地堆積層和沖積層，岩性疏鬆脆弱。
本區水系自北而南包含有大南溪、知本溪、太麻里溪、金崙溪及大竹溪等五個集水區。經調查結果顯示大武山各溪流除少數溫泉區水質有較輕微的污染以外，各流域水質皆良好，可直接提供台東地區鄉鎮居民飲用。
植物資源
調查研究顯示，本區植物種類至少有158科727種，其中稀有種17種，包括蕨類1種，裸子植物4種，雙子葉植物10種，及單子葉植物2種。本區具有台灣僅存大面積的低海拔原始闊葉樹林，以及海拔200至3000公尺相連完整之植物林相。由於溫度隨海拔遞昇而遞減，因此區內植群氣候帶之變化亦隨海拔而有所差異，其變化大致與沿緯度之變化類似。隨海拔之遞昇，與緯度相當之氣候帶包括熱帶、亞熱帶、暖溫帶、及冷溫帶。植群帶之垂直分化則可分為榕楠林帶、楠櫧林帶、櫟林帶及鐵杉林帶。
綜合而言，大武山自然保留區的森林覆蓋面積佔全區總面積的98.88﹪，其中天然針葉樹林、天然針闊葉樹混淆林及天然闊葉樹林合計佔全區面積的93.23﹪，之中又以天然闊葉樹林佔全區的84.94﹪比例最高，亦即大武山自然保留區大部分仍保留於極原始的自然狀態。
動物資源
調查研究顯示，本區至少有25種哺乳類、74種鳥類、9種兩生類、18種爬蟲類、6種魚類及28種蝴蝶。哺乳類約佔台灣陸生哺乳動物種類的40﹪，包括4種特有種及18種特有亞種，其中台灣黑熊及石虎並被列為野生動物保育法所公告之瀕臨絕種野生動物，另外黃喉貂、食蟹饛、麝香貓等9種則被列為珍貴稀有野生動物。總計保育類哺乳動物11種，佔台灣陸生保育類哺乳動物的79﹪。此外，雖然未曾發現任何存在證據，但咸信本區為瀕臨絕種台灣雲豹僅存之最後棲所。
鳥類部分，調查發現的74種鳥類大多為留鳥，約佔台灣全部留鳥種類的45﹪，其中帝雉、藍腹鷴、朱鸝及赫氏角鷹被列為瀕臨絕種野生動物，翠翼鳩、台灣藍鵲、小剪尾、黃山雀等13種被列為珍貴稀有野生動物，深山竹雞、紅山椒、金翼白眉、冠羽畫眉等15種則被列為其他應予保育之野生動物，總計保育類鳥類32種。
兩生類方面，發現的9種無尾目約佔台灣全部無尾目的三分之一，其中莫氏樹蛙及褐樹蛙並被列為珍貴稀有野生動物。爬蟲類18種中，百步蛇被列為瀕臨絕種野生動物，眼鏡蛇、錦蛇、南台草蜥及蛇蜥則為珍貴稀有野生動物。魚類6種，包括被列為珍貴稀有野生動物的鱸鰻。蝴蝶28種，其中黃裳鳳蝶為珍貴稀有野生動物。
參、大武山自然保留區的重要性
大武山自然保留區面積廣達四萬七千公頃，是面積最大的自然保留區，僅次於玉山國家公園的生態保護區（生(一)區面積六萬三千公頃），面積上是台灣地區第二大的生態保護區，生態完整性則屬第一。由於區內森林覆蓋度高達98.88﹪，其中天然林佔全區的93.23﹪，事實上是台灣中高海拔山區唯一最廣大而完整之生態保護區，自民國七十七年即依文化資產保存法指定公告，依法應嚴加保護，該保留區對於野生動物保育、國土保安、水源涵養、防止盜伐、盜獵、濫墾等不法行為，皆具有不可替代之積極功效。
中央山脈南段除大武山自然保留區外，北側有出雲山自然保留區、台東紅葉村台東蘇鐵自然保留區及雙鬼湖自然保護區，西側有北大武山針闊葉樹林自然保護區，南側有浸水營闊葉樹林自然保護區，這些保護區面積合計近五萬一千公頃，與大武山自然保留區形成一面積廣達約九萬八千公頃完整而未被分割之保護區，可以說是台灣地區面積最大的保護區系統，其重要性自不待言。
島嶼生物學理論經多次證實，棲地的面積愈大且形狀愈完整，則愈能孕育豐富而複雜的物種。大武山區的保護區系統由於面積廣闊而完整，且包含由低海拔至高海拔的各種森林植群，以及高山湖泊等複雜的棲地類型，因此動植物種類多樣而豐富，對於物種保護與基因多樣性之保存有不可替代的重要性。此外，對於一些如台灣雲豹、台灣黑熊等大型哺乳動物而言，由於其生活圈的需求較大，必須有較廣闊的面積，使環境承載量能達到物種永續繁衍的最小可存活族群量，以確保物種的永續繁衍，而大武山區廣闊的保護區系統，則正扮演維護台灣原產大型哺乳動物永續繁衍的重要角色。據信台灣雲豹若仍存在，則考慮其對於棲地品質與生存面積等需求，大武山自然保留區將是其唯一的棲身之所。
保護區系統除應考慮其面積之外，生態系類型亦為重要的考量因素。台灣的森林位於低海拔者，由於長期面臨開發壓力，不是已被破壞殆盡，就是遭受長期干擾而形成次生林。大武山自然保留區則保留有台灣僅存的大面積之低海拔原始闊葉樹林，且亦為唯一保有由海拔200至3000公尺相連完整的原始森林植群。大武山自然保留區高達93.23﹪的天然林覆蓋度與完整的森林植群，是台灣僅存唯一且無可替代的代表性森林生態系。