南澳溪可分成南澳北溪和南澳南溪兩條支流，北溪發源於海拔1489公尺的三星山，為南澳溪主要支流，主流長度約41公里，流域面積約300 平方公里，在河流出谷口沖積成南澳溪沖積扇三角洲平原，扇洲面積佔9.5平方公里，若含龜山則佔11平方公里。扇洲之名，乃因蘇花海岸大多是山脈逼近海洋，河川入海的地方也就是出谷的地方，所造成的堆積地形也和三角洲與沖積扇的特性相同，此種具有圓弧狀突出外形的海口沖積平原稱為沖積扇三角洲平原，簡稱扇洲。 南澳溪扇洲大致為南北二溪沖積而成之聯合沖積扇，北溪以碧侯上側為扇頂，南溪以武塔以東為扇頂，二者在南澳橋附近交會，橋以上有廣大之氾濫平原。在南澳溪出海口有一突起山丘，稱為「龜山」，原為南澳海灣的一座小島，海灣被溪水帶來的泥沙填平後，小島變為河積地形中的陸連島，此外沙嘴向南北延伸，因此在此處還可見到潮汐曲流、潟湖等地形。 南澳位在蘇花公路的北段，從蘇澳到南澳附近，地層的走向幾乎與海岸垂直，因此岩層軟硬的不同在遭受差異侵蝕之後，造成岬灣反覆出現的景觀，唯因河流出谷口造成的旺盛沖積作用，自蘇澳至和仁形成一系列的扇洲景觀。

南澳溪扇洲為南澳北溪與南溪共同沖積的聯合沖積扇，兩溪在南澳橋附近交會成平坦的氾濫平原區，為蘇花斷層海岸沿線人口聚集地。 


南澳溪出海口有一突起小山丘名為龜山，原為南澳海灣內的一座小島，後因海灣被溪水帶來的泥沙填平而成為陸連島。