楠梓仙溪與荖濃溪為高屏溪上游二大支流，發源於玉山山麓流經那瑪夏鄉、甲仙鄉、杉林鄉於旗山附近與荖濃溪匯流。與荖濃溪類似流域內有廣泛的河階地分布，上游河谷寬闊階地及沖積扇面較廣，下游區階地類型以岩石階地為主，階地面較上游區小。依流域內的河階沉積層與出露基盤的空間關係，楠梓仙溪的發育與荖濃溪相同可劃分為四期，前二階段的河川發育以大規模堆積作用為主，形成今日民族、民權、民生等平台；至第三、四階段河川下切切入基盤，形成現今最低位的河階地。楠梓仙溪主流呈東北-西南向，河道切穿基盤並與岩層走向平行為典型的縱谷地形，流域中游俗稱小林峽谷的區域，有厚層麓山帶砂岩出露，因砂岩岩性堅硬河道不易側蝕而以下切做用為主，形成縱深的峽谷景觀。

楠梓仙溪上游區的河階地階崖高差大，礫石層也較下游厚，照片後方為兩權平台的階崖剖面，礫石層覆蓋於岩石基盤上厚約80公尺。下方的低位階位於兩權平台對岸，礫石層厚約10公尺且二側為基盤僅中段有礫石堆積，為一舊河槽所在，顯示河川曾於此處發生改道現象。


楠梓仙溪一般以小林峽谷為上下游的分界，河道二側有以厚層砂岩及泥質砂岩的三峽群及相當於桂竹林層的關刀山砂岩等地層出露，河谷窄且深，由河谷底部觀看兩旁的岩層十分壯觀。