吉貝嶼位於澎湖本島白沙島北方約5.5公里處，面積約3.1平方公里，是澎湖群島中最北端有人居住的島嶼。全島的地勢東高西低，島嶼東半部是較高的玄武岩台地，西半部有大片的砂灘。遠望頂部平坦的方山和大片的砂灘、沙嘴，是吉貝嶼地形上的兩大特色。距今15-14個百萬年以前，當時澎湖地區是以噴發矽質玄武岩為主，矽質玄武岩並構成整個群島的主體，其後海水面曾經相對下降，使得矽質玄武岩頂部開始受到風化侵蝕並有紅土層出現，在此期間，少部分的地區（如目斗嶼、吉貝嶼、望安嶼等）也有鹼性玄武岩的噴發，而覆蓋之前形成的紅土面或矽質玄武岩。根據調查，矽質玄武岩與鹼性玄武岩的形成，並無明顯的先後次序差異，它們可以在同一時間的不同地點噴發，也可以在同一地點，間隔很短的時間噴出不同岩性的岩漿。因此，在吉貝嶼北部則可發現覆蓋紅土的矽質玄武岩，及上部覆蓋距今15-14百萬年前的鹼性玄武岩。

吉貝嶼東南側有廣大的海蝕平台，因此提供當地居民有大量空間可以建造各式各樣的石滬，使得吉貝嶼成為澎湖群島中石滬最發達的島嶼。此外，島嶼東南側上亦可觀察到小規模海崖和海蝕凹壁。


珊瑚礁死亡後白化的骨骼經海水長期搬運及海浪的拍打會逐漸破碎呈砂礫狀，並於海水搬運力較弱的地方堆積，吉貝與重要地景點沙嘴及鄰近的沙灘便是因此而形成。近年因遊憩活動大量於沙灘及沙嘴上進，使得沙體有縮減的趨勢，目前沙嘴目前已經劃為保護區，以防止此特殊的地景操受破壞而消失。（本照片由林長興先生提供）