琉球嶼的地層包括：中新世的琉球嶼泥岩，為琉球嶼最古老之地層；更新世中期的琉球嶼石灰岩覆蓋在台地區上方，大部分出露於地表，由造礁珊瑚、貝殼、石灰藻及有孔蟲的遺骸組成；琉球嶼四周分布由未膠結砂、礫、泥組成的現代沖積層；現代珊瑚礁則分布於東、南及西北側海岸，並有部份石灰岩崩落於其上，另東側已成為隆起珊瑚礁。 琉球嶼的泥岩分布於島嶼台地中央的位置，局部有明顯的惡地地形，此處惡地的形成受人為開挖及製磚活動有關，並非完全因自然的地形作用產生，目前在島中央的低地仍留有一座製磚廠。琉球嶼泥岩的上部覆蓋石灰岩層，出露於島嶼的東北、東南、西北、西南等四方的台地上，石灰岩長期受雨水溶蝕的作用因此在地表上可見到溶蝕溝，低地處亦有溶蝕洞等石灰岩地形。

惡地泛指地表少植被覆蓋，表面光禿、寸草不生景觀荒涼的土地，有泥岩惡地與礫岩惡地二種類型。琉球嶼的泥岩因人為開發大量出露，由於泥岩透水性低的特性及受降水沖蝕形成大量的蝕溝，是典型的泥岩惡地景觀，琉球嶼的島中央及北部可觀察到此特殊景觀。<


珊瑚礁因構造抬升離開水面死亡並經壓密膠結後形成石灰岩，主要成份為碳酸鈣。因碳酸鈣易與水中的氫離子作用而分解，因此石灰岩區的溶蝕作用特別強烈，其中滲穴、溶蝕溝、溶蝕洞等地貌為石灰岩地形的標準景觀，琉球嶼上的步道部份便是沿著溶蝕溝而建置。