恆春石灰岩與馬鞍山層的地層不整合出露地點，原位在從鵝鑾鼻往北，接近恆春鎮南灣的南灣路旁。但由於路邊植生茂密，原來的恆春石灰岩與馬鞍山層不整合露頭，已被植被遮蔽了大半。因此目前觀察恆春石灰岩與馬鞍山層不整合的地點，是位在原露頭附近的對側路旁。 馬鞍山層下部由塊狀泥岩組成，泥岩中含有孔蟲與貝類化石，上部為粉砂岩和頁岩互層。根據馬鞍山地層下部的化石研究，馬鞍山層的年代約在上新世早期到更新世初期，馬鞍山層的沉積環境向上逐漸變淺。恆春石灰岩以石灰岩為主體，地層內局部夾有粉砂岩和泥岩凸鏡體，地質時代在更新世中期至晚期。馬鞍山層與恆春石灰岩，為顯著的交角不整合接觸關係；兩地層呈不整合接觸乃是因該地區由較深海的沉積環境，逐漸變為淺水的濱海環境所造成。

目前觀察恆春石灰岩與馬鞍山層不整合的新地點，位在由鵝鑾鼻往南灣方向的南灣路左側。植被覆蓋的下方是珊瑚礁石灰岩，水泥壁上方為含有粉砂岩和頁岩的馬鞍山層，但此處出露的馬鞍山層層理不明顯。


原觀察恆春石灰岩與馬鞍山層不整合的地點，茂密的植被已遮蔽大部分的露頭。