挖仔尾自然保留區位於淡水河河口右岸，為一河口沙洲地形。由於受到波浪、潮汐、沿岸流、東北季風、淡水河上游輸沙量的多重影響，該地為一個變動相當頻繁的區域，沙洲的大小會隨著颱風、季節性風向發生變化。以冬季來說，東北季風會將沿岸漂沙往南牽引，讓沙洲往外海偏移；颱風與暴潮則會讓沙洲的面積縮小，要過一段時間才會恢復。 挖仔尾位在河口半鹹水區的特性，提供許多潮間帶生物棲息的場所。當地的生物種類繁多，成了來台灣渡冬候鳥的休息站。而在河口沙洲後方的淺水區，有茂密的水筆仔紅樹林，是自然保留區的重點保育項目。